Organisasi dan Tata Kerja Organ umum penyelenggaraan STIKOM InterStudi terdiri atas Badan Penyelenggara, Ketua dan Senat Sekolah Tinggi. Yayasan mendelegasikan penyelenggaraan Tridharma Perguruan Tinggi di STIKOM InterStudi beserta kegiatan penunjangnya kepada Ketua untuk dikelola secara otonom, kredibel dan akuntabel melalui struktur organisasi dan tata kerja yang memiliki tugas, tanggung jawab, wewenang dan uraian jabatan sesuai dengan peraturan Pengurus Yayasan pada Statuta STIKOM InterStudi No 001/Ketua/YAYIS/IV/2018 Bab IV. terkait Tata Kelola meliputi Pasal 31 tentang Tugas dan Wewenang Ketua STIKOM InterStudi. Penetapan kebijakan serta pengawasan pelaksanaan tata kelola STIKOM InterStudi secara keseluruhan dikaji dan ditetapkan oleh Senat Sekolah Tinggi yang didalamnya terdiri atas Pelaksana Harian Yayasan, Ketua STIKOM InterStudi, Ketua Program Studi. Pelaksanaan tata pamong dan tata kelola STIKOM InterStudi kemudian diperkuat dengan adanya penunjukan Struktur Organisasi yang ditetapakan melalui Surat Keputusan Yayasan Nomor 349/Ketua/YAY-IS/Khusus/VII/2019 terkait Struktur Organisasi dan Tata Kerja Organ Umum Penyelenggara.

Ketua bertugas menyusun dan menetapkan perencanaan pengembangan serta merumuskan rencana strategis. Ketua juga bertugas untuk membina dan memastikan keberlangsungan dan keberlanjutan pengelolaan STIKOM InterStudi. Dalam melaksanakan kegiatan akademik, Ketua dibantu oleh Wakil Ketua I Bidang Akademik, Wakil Ketua II Bidang Non Akademik dan Satuan Penjaminan Mutu STIKOM InterStudi yang bertugas menyelenggarakan proses penjeminan mutu melalui penyelenggaraan standar-standar indikator kinerja kegiatan akademik, penelitian dan pengabdian kepada masyarakat serta memantau, menilai, mengadministrasi dan mendokumentasi pelksanaan penjaminan mutu STIKOM InterStudi. Wakil Ketua I Bidang Akademik bertugas mengkoordinasikan, memonitoring dan mengevaluasi penyelenggaraan kegiatan akademik dibantu oleh Direktur Pascasarjana, Ketua Program Studi, unit Lembaga Penelitian dan Pengabdian Masyarakat (LPPM) dan Biro Administrasi Pendidikan.

Direktur Pascasarjana bertugas mengkoordinasikan penyelenggaraan pendidikan, penelitian, pengabdian, kerjasama serta pembinaan sumberdaya (tenaga pendidik dan tenaga kependidikan) pada program Pascasarjana. Sedangkan Ketua program studi bertugas mengkoordinasikan penyelenggaraan pendidikan, penelitian, pengabdian, kerjasama serta pembinaan sumberdaya (tenaga pendidik dan tenaga kependidikan) pada program sarjana STIKOM InterStudi. Unit Lembaga Penelitian dan Pengabdian Masyarakat (LPPM) membantu Wakil Ketua 1 dalam perencanaan, pelaksanaan, dan pengelolaan penelitian serta Pengabdian kepada Masyarakat. Biro Administrasi Penidikan berperan sebagai unit penunjang administrasi dan pelayanan pendidikan. Pengorganisasian bidang non-akademik meliputi pengelolaan kegiatan dalam bidang akuntansi dan keuangan, administrasi umum, kepegawaian, kemahasiswaan, dan kerumahtanggaan (sarana dan prasarana). Dalam pengorganisasian bidang non-akademik Ketua dibantu oleh Wakil Ketua II Bidang Keuangan yang dibantu oleh Kepala Bagian Kemahasiswaan, Kepala Bagian Sumber Daya, Kepala Bagian Kerjasama. Kepala bagian kemahasiswaan bertugas mengelola segala kegiatan yang melibatkan unsur kemahasiswaan, meliputi; pengembangan prestasi akademik dan non-akademik mahasiswa, pelaksanaan unit kegiatan mahasiswa, penyelenggaraan Tracer Study mahasiswa dan alumni, pelaksanaan pembinaan karakter dan penalaran mahasiswa dan alumni, serta pengelolaan pusat karir bagi mahasiswa STIKOM InterStudi. Kepala Bagian Sumber Daya bertanggung jawab atas pengelolaan sumber daya, sarana dan prasarana, meliputi; perencanaan dan pengelolaan administrasi umum, keuangan dan kepegawaian, pengelolaan dan pembinaan karir, kinerja, perekrutan sumber daya, pengelolaan sarana, prasarana serta infrastruktur penunjang.